En la fauna de la superficie de las Islas Columbretes podemos encontrar una gran cantidad de reptiles como la comúnmente llamada lagartija ibérica. También podemos encontrar una gran cantidad de aves que encuentran en las Islas Columbretes un lugar para poder construir sus nidos y alimentar a sus crías como el halcón de Eleonor, la gaviota de Audouin o la pardela cenicienta.
En cuanto a la fauna que habita bajo el agua del Mediterráneo en los alrededores de las Islas Columbretes, podemos encontrar una gran cantidad de especies marinas ya que constituyen un refugio donde pueden resguárdecerse de los depredadores y sobre todo para protegerse de la explotación del hombre.
Entre esas especies podemos encontrar la Cystoseira mediterránea, Cystoseira amentácea la alga Laminaria redriguezi y numerosas especies de corales como el coral rojo.
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